Craig Schwartz se gana la vida manejando marionetas en la calle. Para conseguir algo de dinero, Craig encuentra un trabajo de dependiente. Un día, y de manera accidental, descubre una puerta... una puerta que le conduce directamente al cerebro de John Malkovich. Durante 15 minutos, experimenta el viaje de su vida él es John Malkovich. A su vuelta, y en colaboración de su esposa una mujer obsesionada con los animales de compañía- traman un plan para permitir que otros viajen al cerebro de John por la módica cantidad de 200 dólares el viaje.